职能集成阶段集中于处理企业内部的物流，企业围绕核心职能对物流实施集成化管理，对组织实行业务流程重构，实现职能部门的优化集成，通常可以建立交叉职能小组，参与计划和执行项目，以提高职能部门之间的合作，克服这一阶段可能存在的不能很好满足用户订单的问题。
职能集成强调满足用户的需求。事实上，用户需求在今天已经成为驱动企业生产的主要动力，而成本则在其次，但这样往往导致第二阶段的生产、运输、库存等成本的增加。此时供应链管理主要有以下特征：
将分销和运输等职能集成到物流管理中来，制造和采购职能集成到生产职能中来。
强调降低成本而不注重操作水平的提高。
积极为用户提供各种服务，满足用户需求。
职能部门结构严谨，均有库存做缓冲。
具有较完善的内部协定，如采购折扣、库存投资水平、批量等。
主要以订单完成情况及其准确性作为评价指标。
在集成化供应链管理的第二阶段一般采用MRP系统进行计划和控制。对于分销网，需求得不到准确的预测和控制，分销的基础设施也与制造没有有效的联接。由于用户的需求得不到确切的理解，从而导致计划不准确和业务的失误，所以在第二阶段要采用有效的预测技术和工具对用户的需求做出较为准确的预测、计划和控制。
但是，以上采用的各项技术之间、各项业务流程之间、技术与业务流程之间都缺乏集成，库存和浪费等问题仍可能困扰企业。
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